施工合同被確認為無效后，若建設工程經(jīng)竣工驗收合格的，按照雙方合同的約定結算工程價款；若建設工程經(jīng)竣工驗收不合格的，修復后驗收合格的，發(fā)包人可以要求承包人承擔修復費用，修復后仍驗收不合格的，承包人無權得到整個工程的工程價款。

　 關于建設方以施工方違約作為拒付工程款抗辯的工程價款結算
　這一類糾紛主要有：
�。�1）發(fā)包人以承包人逾期竣工拒付工程款；
�。�2）發(fā)包人以承包人未按約墊資拒付工程余款；
�。�3）發(fā)包人以承包人主張權利超過訴訟時效拒付工程款。
　（4）發(fā)包人以工程質(zhì)量存在瑕疵或未予修復為由拒付工程款；
�。�5）發(fā)包人以工程未竣工拒付工程款；
　造成工程價款約定不明確的主要原因是由于工程設計尚未完成，無法依據(jù)施工圖紙等確定工程量。其情形在合同中分別表現(xiàn)為：對工程造價決算籠統(tǒng)約定為按省、市有關文件執(zhí)行；根據(jù)承包方式的不同，籠統(tǒng)約定為施工圖預算加簽證、執(zhí)行國家工程定額、工程概算包干、施工圖加系數(shù)包干等；此外，還有的無書面合同，雙方對工程造價決算的依據(jù)和方法各執(zhí)一詞。依據(jù)《合同法》第61、62條規(guī)定的精神，當事人雙方在訴訟中可以協(xié)商補充工程造價及決算的約定。協(xié)商不成時，可按以下方法處理：
　　（1）合同中約定了工程造價及決算的計價方法的，應當從其約定。對于約定工程造價決算執(zhí)行省、市有關文件規(guī)定的，如約定了明確的年度工程定額文件的，依據(jù)該文件確定；無明確約定的，依據(jù)當年工程定額文件確定。對于約定根據(jù)承包方式采用施工圖預算加簽證、工程概算包干、施工圖預算加系數(shù)包干等的，如果施工圖紙、工程概算等文件已經(jīng)完成，并經(jīng)雙方簽字，應作為工程造價決算的依據(jù)。如仍不能確定工程價款的，應依據(jù)當?shù)亟ㄔO行政主管部門制定的當年工程計價文件。對于合同未就工程價款作具體約定的，或者無書面合同、雙方對工程價款的確定又認識不一的，亦應依據(jù)當?shù)亟ㄔO行政主管部門制定的當年工程計價文件確定。
　�。�2）對于雙方當事人就工程造價及決算的計價方法能夠形成一致意見，或者按照前述方法能夠確定計價方法的，雙方當事人應進行工程價款的核算。對因涉及專業(yè)性較強的問題不能核算的，可以申請委托專業(yè)部門進行審計，并經(jīng)庭審質(zhì)證后審查確定工程價款。關于施工方主張優(yōu)先受償權的工程價款結算
《合同法》第286條和最高法院司法解釋明確了優(yōu)先受償權的適用條件和范圍、權利限制情形、行使方式、溯及力等，強化了對施工人合法權益的優(yōu)先救濟和法律保護。催告的合理期限在通常情況下，可參考國家建設部、工商行政管理局聯(lián)合頒布的建設工程施工合同示范文本中有關工程款給付時間段的規(guī)定，確定為1個月左右為宜。但如果雙方對以工程折抵欠款達成協(xié)議的，承包方可不必經(jīng)過催告而取得行使折價受償?shù)臋嗬�。如果發(fā)包方惡意轉(zhuǎn)移建筑物所有權，承包方隨時可以申請人民法院拍賣。
　　關于發(fā)包人與承包人之間就同一工程簽訂幾份不同版本合同的工程價款結算。
　　若幾份不同版本的合同中有一份是經(jīng)備案的中標合同，則根據(jù)最高院《關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十一條的規(guī)定，以經(jīng)備案的中標合同為結算依據(jù)。否則，應根據(jù)合同簽訂的時間順序，以后簽訂的合同為結算依據(jù)。