1、因變更引起的糾紛
    在工程建設(shè)過程中，變更是普遍存在的。盡管變更的表現(xiàn)形式紛繁復(fù)雜，但是其對(duì)于工程款的支付的影響卻僅僅表現(xiàn)在兩個(gè)方面：
    （1）工程量的變化導(dǎo)致價(jià)格的糾紛
    從經(jīng)濟(jì)學(xué)的角度看，成本的組成包括兩部分，即固定成本和可變成本。固定成本不因產(chǎn)量的增加而增加，可變成本卻是產(chǎn)量的函數(shù)，因產(chǎn)量的增加而增加。當(dāng)產(chǎn)量增加時(shí)，單位產(chǎn)量上攤銷的固定成本就會(huì)減少，而可變成本不發(fā)生變化，其總成本將減少。在原有價(jià)格不變的前提下，會(huì)導(dǎo)致利潤(rùn)率增加。因此，當(dāng)工程量發(fā)生變化后，當(dāng)事人一放就會(huì)提出增加或者減少單價(jià)，以維持原有的利潤(rùn)率水平。如果工程量增加了，建設(shè)單位就會(huì)要求減少單價(jià)。相反，如果工程量減少了，施工單位就會(huì)要求增加單價(jià)。
    調(diào)整單價(jià)時(shí)會(huì)涉及到兩個(gè)因素：一是工程量增減幅度達(dá)到多少就要調(diào)整單價(jià)。二是將單價(jià)調(diào)整到多少。如果在承包合同中沒有對(duì)此進(jìn)行約定，就會(huì)導(dǎo)致糾紛。
    （2）工程質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的變化導(dǎo)致價(jià)格的糾紛
    工程質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)有很多種分類的方法，如果按照標(biāo)準(zhǔn)的級(jí)別來分的話，可以分為國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)、地方標(biāo)準(zhǔn)、行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、企業(yè)標(biāo)準(zhǔn)。另外，合同雙方當(dāng)事人也可以在合同中約定標(biāo)準(zhǔn)，如果約定的標(biāo)準(zhǔn)沒有違反強(qiáng)制性標(biāo)準(zhǔn)，其效力還將高于國(guó)家其他標(biāo)準(zhǔn)。
    正是由于工程質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的多樣性，就會(huì)導(dǎo)致工程標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生變化而導(dǎo)致糾紛的產(chǎn)生。例如，對(duì)于某混凝土工程，原來在合同中約定的混凝土強(qiáng)度為25Mp，后來建設(shè)單位出于安全和質(zhì)量的考慮，要求講質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)提高到30Mp，這就意味著施工單位將為此多付出成本，那么到底多付出了多少哪，雙方也有可能就此產(chǎn)生糾紛。
    對(duì)于上面的由于變更而引起的計(jì)價(jià)方法的糾紛，《解釋》第16條作出了規(guī)定：
    當(dāng)事人對(duì)建設(shè)工程的計(jì)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)或者計(jì)價(jià)方法有約定的，按照約定結(jié)算工程價(jià)款。
    因設(shè)計(jì)變更導(dǎo)致建設(shè)工程的工程量或者質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生變化，當(dāng)事人對(duì)該部分工程價(jià)款不能協(xié)商一致的，可以參照簽訂建設(shè)工程施工合同時(shí)當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計(jì)價(jià)方法或者計(jì)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價(jià)款。
    2、因工程質(zhì)量驗(yàn)收不合格導(dǎo)致的糾紛
    工程合同中的價(jià)款針對(duì)的是合格工程而言的，而在工程實(shí)踐中，不合格產(chǎn)品也是普遍存在的，對(duì)于不合格產(chǎn)品如何計(jì)價(jià)也就自然成為了合同當(dāng)事人關(guān)注的問題。在這個(gè)問題中也涉及到兩方面的問題：一是工程質(zhì)量與合同約定的不符合程度，二是針對(duì)該工程質(zhì)量應(yīng)予支付工程款。
    對(duì)此，《解釋》第16條也同時(shí)作出了規(guī)定：
    建設(shè)工程施工合同有效，但建設(shè)工程經(jīng)竣工驗(yàn)收不合格的，工程價(jià)款結(jié)算參照本解釋第3條規(guī)定處理。也即：
    1）修復(fù)后的建設(shè)工程經(jīng)竣工驗(yàn)收合格，發(fā)包人請(qǐng)求承包人承擔(dān)修復(fù)費(fèi)用的，應(yīng)予支持；
    2）修復(fù)后的建設(shè)工程經(jīng)竣工驗(yàn)收不合格，承包人請(qǐng)求支付工程價(jià)款的，不予支持。
    因建設(shè)工程不合格造成的損失，發(fā)包人有過錯(cuò)的，也應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)的民事責(zé)任。 
    3、因利息而產(chǎn)生的糾紛
    《合同法》第113條規(guī)定：“當(dāng)事人一方不履行合同義務(wù)或者履行合同義務(wù)不符合約定，給對(duì)方造成損失的，損失賠償額應(yīng)當(dāng)相當(dāng)于因違約所造成的損失，包括合同履行后可以獲得的利益，但不得超過違反合同一方訂立合同時(shí)預(yù)見到或者應(yīng)當(dāng)預(yù)見到的因違反合同可能造成的損失。”
    從上面的條款我們可以看到，如果建設(shè)單位不及時(shí)向承包商支付工程款，承包商在要求建設(shè)單位繼續(xù)履行的前提下，可以要求承包商為此支付利息。因?yàn)槔�息是建設(shè)單位如果按期支付工程款后承包商的預(yù)期利益。
    在實(shí)踐中，對(duì)于利息的支付容易在兩個(gè)方面產(chǎn)生糾紛：一是利息的計(jì)付標(biāo)準(zhǔn)，二是何時(shí)開始計(jì)付利息。
    《解釋》第17條對(duì)于計(jì)付標(biāo)準(zhǔn)做出了規(guī)定：當(dāng)事人對(duì)欠付工程價(jià)款利息計(jì)付標(biāo)準(zhǔn)有約定的，按照約定處理；沒有約定的，按照中國(guó)人民銀行發(fā)布的同期同類貸款利率計(jì)息。
    同時(shí)，《解釋》第18條也對(duì)何時(shí)開始計(jì)付利息做出了規(guī)定：利息從應(yīng)付工程價(jià)款之日計(jì)付。當(dāng)事人對(duì)付款時(shí)間沒有約定或者約定不明的，下列時(shí)間視為應(yīng)付款時(shí)間：
    1）建設(shè)工程已實(shí)際交付的，為交付之日；
    2）建設(shè)工程沒有交付的，為提交竣工結(jié)算文件之日；
    3）建設(shè)工程未交付，工程價(jià)款也未結(jié)算的，為當(dāng)事人起訴之日。
    4、因合同計(jì)價(jià)方式產(chǎn)生的糾紛
    《建筑工程施工發(fā)包與承包計(jì)價(jià)管理辦法》第12條規(guī)定：合同價(jià)可以采用以下方式：
    1）固定價(jià)。合同總價(jià)或者單價(jià)在合同約定的風(fēng)險(xiǎn)范圍內(nèi)不可調(diào)整。
    2）可調(diào)價(jià)。合同總價(jià)或者單價(jià)在合同實(shí)施期內(nèi)，根據(jù)合同約定的辦法調(diào)整。
    3）成本加酬金。合同總價(jià)由成本和建設(shè)單位支付給施工單位的酬金兩部分構(gòu)成。
    由于工程建設(shè)的外部環(huán)境處于不斷的變化之中，這些外部條件的變化就可能會(huì)使得施工單位的成本增加。例如，某種建筑材料大幅度漲價(jià)，或者發(fā)生了一定程度的設(shè)計(jì)變更使得工程量有所增加，都會(huì)讓承包商承擔(dān)了更大的成本。在這種情況下，承包商就可能提出索賠的要求，要求建設(shè)單位支付增加部分的成本。對(duì)于上面的三種計(jì)價(jià)方式，如果采用的是可調(diào)價(jià)合同或者成本加酬金合同，建設(shè)單位就應(yīng)該在合同約定的范圍內(nèi)支付這筆款項(xiàng)。但是，如果采用的是固定價(jià)合同，則建設(shè)單位就不必為此支付。
    《解釋》第22條規(guī)定：“當(dāng)事人約定按照固定價(jià)結(jié)算工程價(jià)款，一方當(dāng)事人請(qǐng)求對(duì)建設(shè)工程造價(jià)進(jìn)行鑒定的，不予支持。”