先進行工程竣工驗收，后進行工程竣工結(jié)算，最后進行工程竣工驗收備案。

工程竣工驗收是指建設(shè)工程依照法律、標(biāo)準(zhǔn)的規(guī)定或合同約定從工程設(shè)計到施工結(jié)束的全過程是否符合各項規(guī)定的查驗。工程竣工結(jié)算是指施工企業(yè)按照合同約定或法律、標(biāo)準(zhǔn)的規(guī)定完成所承包的工程，經(jīng)驗收合格后，向發(fā)包單位進行的最終工程款結(jié)算。

建設(shè)工程竣工驗收備案是指建設(shè)單位在建設(shè)工程竣工驗收后，將建設(shè)工程竣工驗收報告和規(guī)劃、公安消防、環(huán)保等部門出具的認(rèn)可文件或者準(zhǔn)許使用文件報建設(shè)行政主管部門審核的行為。

先辦理竣工結(jié)算在竣工驗收中的不合格，由此而產(chǎn)生的修改費用，是可以包含到竣工結(jié)算費用里面的，該修改費用是由發(fā)包方承擔(dān)還是承包方承擔(dān)要看具體的合同約定。

法律依據(jù)《建筑法》。